@Pitivier : si tu peux passer une fenêtre d'un écran à un autre par glissé-déposé, tu as bien qu'un seul serveur X en fonctionnement.
Ma config dual screen (mais avec driver nVidia) je peux spécifier un serveur X par écran. Inconvénient, tu ne peux pas passer une fenêtre lancée sur l'écran principal vers l'écran secondaire (pas la même session X)
Donc la solution se serai de ne pas faire du bureau étendu, mais un serveur X par écran (avec les inconvénients que ça présente)
Voila mon xorg, si tu veux t'en inspirer (et met pas toutes les options, sans le driver proprio, ça va pas servir à grand chose, si ce n'est te provoquer des problèmes :-D )

# nvidia-settings: X configuration file generated by nvidia-settings
# nvidia-settings:  version 1.0  (mockbuild@builder.wilsonet.com)  Sun Feb 28 16:29:16 EST 2010

Section "ServerLayout"
    Identifier     "Layout0"
    Screen      0  "Screen0" 1280 0
    Screen      1  "Screen1" LeftOf "Screen0"
    InputDevice    "Keyboard0" "CoreKeyboard"
    InputDevice    "Mouse0" "CorePointer"
    Option         "Xinerama" "0"
EndSection

Section "Files"
    FontPath        "/usr/share/fonts/default/Type1"
EndSection

Section "InputDevice"
    # generated from default
    Identifier     "Mouse0"
    Driver         "mouse"
    Option         "Protocol" "auto"
    Option         "Device" "/dev/input/mice"
    Option         "Emulate3Buttons" "no"
    Option         "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection

Section "InputDevice"
    # generated from data in "/etc/sysconfig/keyboard"
    Identifier     "Keyboard0"
    Driver         "keyboard"
    Option         "XkbLayout" "fr"
    Option         "XkbModel" "pc105"
EndSection

Section "Monitor"
    # HorizSync source: edid, VertRefresh source: edid
    Identifier     "Monitor0"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "Seiko"
    HorizSync       30.0 - 75.0
    VertRefresh     60.0
    Option         "DPMS"
EndSection

Section "Monitor"
    # HorizSync source: edid, VertRefresh source: edid
    Identifier     "Monitor1"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "DELL 1908FP"
    HorizSync       31.0 - 83.0
    VertRefresh     56.0 - 76.0
    Option         "DPMS"
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device0"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "Quadro FX 360M"
    BusID          "PCI:1:0:0"
    Screen          0
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device1"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "Quadro FX 360M"
    BusID          "PCI:1:0:0"
    Screen          1
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Screen0"
    Device         "Device0"
    Monitor        "Monitor0"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "0"
    Option         "TwinViewXineramaInfoOrder" "DFP-0"
    Option         "metamodes" "DFP: nvidia-auto-select +0+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Screen1"
    Device         "Device1"
    Monitor        "Monitor1"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "0"
    Option         "metamodes" "CRT: nvidia-auto-select +0+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection

Voila, après tu as toujours comme solution de t'installer les driver proprio, si le mot proprio ne te fais pas peur... et si tu n'as pas un poste "nomade" (vu que dès que tu touche au changement de position, d'attribution de X, il faut réécrire xorg.conf en root, et donc redémarrer le pc ou juste relancer X)

Si ça peut t'aider