Méthode d'installation :

dnf --refresh upgrade
dnf remove vlc
dnf system-upgrade download --releasever=29
dnf system-upgrade reboot

Après la Maj

dnf update
dnf install vlc

Problèmes majeurs :
Soucis d'affichage dans nautilus : https://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=68266
Bug rédigé sur bugzilla: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1645061


Problèmes mineurs :
- Dnfdragora n'a pas été mis à jour vers la dernière version 1.1.0, dommage pour un programme qui apparait dans la page de présentation sur fedora-fr: https://www.fedora-fr.org/
Bug rédigé sur bugzilla: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1634812

- Grub s’affiche toujours malgré le faite qu'il y a qu’un seul système d'exploitation fedora et rescue
bug: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1592201
solution: sudo grub2-editenv - set menu_auto_hide=1 (si un seul SE)

Points positifs :
La distribution semble plus rapide

Points négatifs :
Le répertoire bumblebee n'est pas prêt pour F29
Edit réglé aujourdhui

dnf --refresh upgrade
 dnf clean all
dnf remove vlc
dnf system-upgrade download --releasever=29 --best --allowerasing
dnf system-upgrade reboot

dnf update
dnf install vlc

Problèmes majeurs : aucun

Problèmes mineurs : pas vu pour l'instant

Points positifs : j'ai retrouvé l'environnement identique

Points négatifs : aucun pour moi

c'est toujours un régal de faire l'upgrade avec cette méthode j'ai désinstallé vlc en m'appuyant sur vos expériences qui signalaient une erreur

- Méthode d'installation :

dnf upgrade --refresh
dnf remove vlc
dnf remove VirtualBox*
dnf remove  pycryptop
dnf distro-sync --releasever=29

Puis désactivation des dépôts modular que je ne veux pas.
Et réinstallation de vlc et VirtualBox

- Problèmes majeurs :
dnscrypt-proxy à la version 2 ne semble pas fonctionnel, en tout cas c'est la prise de tête d'essayer de le faire marcher (même en désactivant le .socket qui est lancé (à tord ?) avec le .service)
-> fixed (mais on ne semble pas pouvoir forcer le UDP)
dnf ne semble plus honorer "metadata_expire=xxx", à moins qu'il y ait eu une correction récemment.

- Soucis mineurs :
Pas encore trouvé de soucis mineurs (autres que firefox et thunderbird qui semblent se résoudre peu à peu)

Merci de vos réponses, à nouvo09 et didierg,

Comme j'ai réinstallé fedora, le problème ne se présente plus (la mise à jour n'a rien donné).

J'avais écumé les forums de VirtualBox, et d'autres pages, sans que la raison soit claire, et il fallait faire une remontée à VirtualBox, en suivant la procédure suivante.

Le "VirtualBox Extension Pack" était installé , et les invités aussi, et je faisais bien parti du groupe vboxusers.

J'avais constaté que les bus USB étaient occupés.

J'avais lu aussi que Wireshark posait problème, et je n'ai jamais compris pourquoi.

Ainsi, je me rappelle maintenant que j'avais "activé" le mode debug concernant les périphériques USB pour pouvoir monitorer le trafic USB d'un disque dur, en suivant la procédure suivante:

La modification des ACL via setfacl en doit-être la cause, en effet, même sous qemu-kvm, j'avais un problème similaire, je ne pouvais seulement brancher qu'un seul USB, je n'avais plus de channel de disponible.

En testant une machine Fedora 29 sous qemu-kvm, avec fedora réinstallée, le problème n'apparaît plus.
Je pense que le problème provient du changement d'ACL dans /dev/usbmon*.

Je vais tester aujourd'hui ou demain, je pense que ce problème provient de la modification des ACL.

Je vous remercie à vous deux de m'avoir rafraîchie la mémoire, je vais tester sur une machine via qemu-kvm.

Edit: En testant sous qemu-kvm, sous fedora 29, je n'ai pas rencontré ce problème, même avec la modification des ACL de /dev/usbmon*.
J'avais constaté aussi que seul un périphérique USB pouvait être branché sous qemu-kvm, ce que je n'ai pas constaté lors d'une réinstallation de Fedora 28.
En regardant ce problème arrive sans qu'on ne le sache pourquoi de temps à autre, sans savoir d'où provient le problème, même en suivant le guide de "résolution" du site de VirtualBox.