Chose bizarre : quand je fais des modifs sur l'aspect de la fenêtre de connexion ave gdmsetup, les modifs ne sont pas enregistrées : tant que gdm tourne, tout va bien. Si je ferme la session, j'arrive sur l'écran de connexion avec les modifs que j'ai apportées (par exemple, le message de bienvenue). Si par contre, je redémarre le PC, la fenêtre de connexion a repris son aspect par défaut. Encore plus fort, si je retourne ensuite dans gdmsetup, le bouton radio du message de bienvenue est toujours sur "Personnalisé" mais le texte est revenu à "Welcome" (alors que, encore une fois, le message effectivement affiché était "Bienvenue" in french in the text).
Tout ce passe comme si les modifs étaient enregistrées en mémoire mais pas dans un fichier de configuration. Dès que gdm redémarre, boum, toutes les modifs apportées sont perdues.
Les données enregistrées dans gdmsetup semblent complètement ignorées : la case "inclure l'élément de menu Configurer" est cochée (et le reste) mais la fenêtre de connexion ne contient pas l'élément de menu Configurer. Etc.

Qu'est-ce que j'ai raté ?
Je m'auto-réponds parce que j'ai trouvé l'explication du truc : gdmsetup cherche à inscrire ses modifs dans un fichier /etc/gdm/gdm.conf. Or ce fichier n'existe pas. Les valeurs par défaut sont placées dans /etc/gdm/defaults.conf et les valeurs modifiées dans /usr/share/gdm/custom.conf. Apparemment, le problème viendrait d'un conflit de version, le fichier gdm.conf n'existant plus et gdmsetup est obsolète avec les versions les plus récentes de gdm. Je suis peut-être en train de dire une grosse connerie mais l'enquête se poursuit. En tous cas, en allant modifier directement le fichier custom.conf, ça marche et les modifs sont conservées à travers le redémmarage.