bonjour à tous

ceci est mon premier message ici, et je viens faire appel à vous car je suis un débutant de chez débutant sur linux.

par avance désolé si la (les) réponses à mes questions se trouvent déjà sur le forum, je suis actuellement toujours en train de chercher, mais je ne trouve pas, donc je vous pose directement la question:

je travaille habituellement sous windows xp, mais je dois et je vais de plus en plus travailler sous fedora core, la distribution de linux installée en dual boot sur mon PC du boulot (je ne sais pas quelle version j'ai: 4, 5 ou 6... désolé).

en effet, je commence à travailler dans la bioinfo, et énormement de logiciels open source dédié à la bioinformatique ne tournent que sous linux.

mon probléme est l'installation de logiciels sous fedora core en général, et de packages en particulier.
j'ai les droits de superutilisateur (root), mais je ne sais pas où je dois placer les archives à compiler via le terminal (/usr/bin??)
comment gérer les problémes de dépendances quand je dois installer un nouveau logiciel??

je suis amené à travailler avec les packages Bioperl associés à Perl (fournis sous la forme de tar.gz), et impossible de les installer via le terminal: je ne sais pas m'y prendre.

je lit scrupuleusement les infos d'instalation des fichiers readme et install, je suis les consignes, j'arrive à les décompresser, mais l'installation des packages necessite les commandes suivantes:
>perl Makefile.PL
puis
>make (c'est à ce moment que le message "make: *** Pas de cibles spécifiées et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt." apparait)
puis
>makeinstall mais je n'arrive même pas jusque là...


quelqu'un pourrait m'aider svp???
tout d'abord lorsque tu as un .tar.gz cela signifie que c'est un ficher ou dossier compressé !
pour le decompresser tar xvfz monficher.tar.gz
ensuite il faut se palcer dans le dossier cd monfichier/
ici et comme pour toute compilation et donc installation de logiciel il y a toujours les mm commandes:

./configure
make
make install

apres si il manque un paquet (une dépendance) un yum install nomdupaquetmanquant

voilà si jamais tu es bloqué hesite pas à demander de l'aide!
si tu es débutant utilise yum (le fameux gestionnaire de paquets) 
 yum install apps
mais il y aussi 
yum info apps
mais je peut te conseiller yumex (extension de yum 
yum install yumex
mais il faut bien configurer yum
pour ce faire je ne peux que te recommender la documentation de ce site


P S : je ne connais pas tes connaissances en llinux, mais après seulement 2 ou 3 mois d'utilisation intensive tu pourras t'amuser avec les compilations (./configure && make && make install && make clean)
Est ce que tu as installé le package perl nécéssaire pour compiler bioperl!
(si tu as un lien direct on pourra aller voir l'archive directement!)

rpm -qa perl (pour savoir si le paquet perl est installé!)
su -
yum install perl (pour installer perl via yum!)

Vérifies aussi que bioperl ne néssite pas d'autres dépendances. Tu as alors deux solutions. Soit ils sont disponibles sur les dépot de bases (yum search bioperl ne donne rien par contre ) - soit tu dois compiler ces dépendances au préalable!
merci pour vos réponses, je vais essayer tout ça, et je vous tiens au courant...

PS: même le "./configure", il ne connait pas...:-?
PS: même le "./configure", il ne connait pas...hmm
Ca veut simplement dire que la procedure d'installation ne necessite pas de configure. slobberbone t'a donne la procedure "standard", celle qui est le plus souvent applicable. Apparemment c'est pas ton cas 🙂

Tu dis :
je lit scrupuleusement les infos d'instalation des fichiers readme et install, je suis les consignes, j'arrive à les décompresser, mais l'installation des packages necessite les commandes suivantes:
>perl Makefile.PL
puis
>make (c'est à ce moment que le message "make: *** Pas de cibles spécifiées et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt." apparait)
puis
>makeinstall mais je n'arrive même pas jusque là...
Ce n'est pas la peine de continuer si une des commandes ne passe pas !

Si tu es sur de la procedure d'installation, tapes simplement dans une console la premiere commande : 
$ perl Makefile.pl
Regarde alors le retour. S'il y a une erreur, ne continue pas, analyse la et tente d'en trouver la cause. Si tu ne trouves pas la cause de l'erreur, poste la ici et on peut t'aider a la resoudre 😉

Si ca passe, continue sur le "make", mais vu l'erreur que tu y obtiens, je pense que la premiere commande n'est meme pas passee (je pense que c'est elle qui cree le Makefile).

Attention, verifie la derniere commande car je crois que ca devrait etre "make install" plutot que "makeinstall".
il faut qu'il y ait un fichier se nommant configure ! regarde s'il existe ou un Configure ??
@slobberbone : y en a pas toujours ! D'autant qu'il decrit dans son premier message la procedure d'installation qui semble etre ecrite dans le README...
Il est dispo sur cpan:
http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/

Et c'est écrit que c'est facile: 
THE EASY WAY

 The Bioperl modules are distributed as a tar file in standard perl
 CPAN distribution form. This means that installation is very
 simple. Once you have unpacked the tar distribution there is a
 directory called bioperl-xx/, which is where this file is.  Move into
 that directory (you may well be already in the right place!) and
 issue the following commands:

   perl Makefile.PL   # makes a system-specific makefile
   make               # makes the distribution
   make test          # runs the test code
   make install       # [may need root access for system install.
                      #  See below for how to get around this.]

 This should build, test and install the distribution cleanly on your
 system.  This installs the main perl part of bioperl, which is the
 majority of the bioperl modules. There is one module (Bio::Tools::pSW)
 which needs a compiled extension. This needs an extra installation
 step. The directions for installing this are given below - it is
 almost as easy as installing the standard distribution, so don't
 worry!
Ca marche chez moi, que renvoie la commande perl Makefile.PL ?

Un peu de complément, au début j'ai choisis all, j'ai fait les tests avec mysql vers la fin.
pascalp wrote:Il est dispo sur cpan:
http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/

Et c'est écrit que c'est facile: 
THE EASY WAY

 The Bioperl modules are distributed as a tar file in standard perl
 CPAN distribution form. This means that installation is very
 simple. Once you have unpacked the tar distribution there is a
 directory called bioperl-xx/, which is where this file is.  Move into
 that directory (you may well be already in the right place!) and
 issue the following commands:

   perl Makefile.PL   # makes a system-specific makefile
   make               # makes the distribution
   make test          # runs the test code
   make install       # [may need root access for system install.
                      #  See below for how to get around this.]

 This should build, test and install the distribution cleanly on your
 system.  This installs the main perl part of bioperl, which is the
 majority of the bioperl modules. There is one module (Bio::Tools::pSW)
 which needs a compiled extension. This needs an extra installation
 step. The directions for installing this are given below - it is
 almost as easy as installing the standard distribution, so don't
 worry!
Ca marche chez moi, que renvoie la commande perl Makefile.PL ?

Un peu de complément, au début j'ai choisis all, j'ai fait les tests avec mysql vers la fin.
merci pour ton aide pascalp

oui, c'est censé être facile, mais je n'y arrive pas:
je vais sur le site http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/

je clique sur download (pourla version bioperl-1.4)
je déplace le fichier bioperl-1.4.tar.gz dans un dossier que j'ai appelé "installation"
dans le terminal, je me place dans ce dossier "installation", puis je tape " tar xvfz bioperl-1.4.tar.gz", il décompresse, tout est ok
ensuite, je suis les instructions du readme, citées au dessus:
je tape "cd bioperl-1.4"
je suis dans le dossier bioperl-1.4...
je tape "perl Makefile.PL"
rien ne se passe (visuellement, en tout cas, mais ça, je m'y attendais)
et quand je tape "make", le terminal me renvoit:
"make: *** Pas de cibles spécifiées et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt."

et je ne peux pas aller plus loin...

c'est le srcipt perl "Makefile.PL" qui est censé créer le fichier makefile, mais il semble qu'il ne creait rien du tout...
aurais-je un probléme avec ma version de Perl??
comment savoir quelle version de Perl j'ai d'installé (en fait, j'ai vérifié, j'ai fedora core 4)????

je suis bloqué depuis 2 jours là dessus, et je ne comprend pas ce qui se passe....

help please...
$ perl Makefile.PL
ne te renvoit rien ? Pas une seule ligne n'apparait a l'ecran ? Attention quand meme a la casse, je doute que l'extension soit en majuscules...

Si elle ne renvoit rien, c'est peut etre que le makefile a bien ete cree... :-?

Que te renvois la commande : 
$ ls -l
Apres avoir fait le "perl ..."

S'il n'y a pas de makefile (ou Makefile), c'est que la premiere commande n'a pas fonctionne. Mais alors pourquoi si elle ne renvoit rien ? Va savoir...

PS : Pour savoir si perl est installe : 
$ rpm -q perl
bochecha wrote:
$ perl Makefile.PL
ne te renvoit rien ? Pas une seule ligne n'apparait a l'ecran ? Attention quand meme a la casse, je doute que l'extension soit en majuscules...

Si elle ne renvoit rien, c'est peut etre que le makefile a bien ete cree... :-?

Que te renvois la commande : 
$ ls -l
Apres avoir fait le "perl ..."

S'il n'y a pas de makefile (ou Makefile), c'est que la premiere commande n'a pas fonctionne. Mais alors pourquoi si elle ne renvoit rien ? Va savoir...

PS : Pour savoir si perl est installe : 
$ rpm -q perl
alors, j'ai fait 
$ rpm -q perl
, et j'ai bien perl d'installé: il me renvoie "perl-5.8.6-15" donc c'est vraiment une des derniéres versions de perl...

et quand je tape 
$ perl Makefile.PL
ou 
$ perl Makefile.pl
, et que je liste aprés avec 
ls -l
, je n'ai aucun nouveau fichier de créé, toujours le même nombre de fichiers qu'avant de lancer le script perl (en l'occurence, 812)...

ce script perl ne me creait aucun nouveau fichier makefile, et je ne sais toujours pas comment installer les packages bioperl......🙁🙁:-?
avouez que pour un débutant sous linux, je suis gaté, non???:-D:hammer:
Bon, que te donnes la commande : 
$ ls -l | grep .pl
Dans le bon dossier evidemment.
bochecha wrote:Bon, que te donnes la commande : 
$ ls -l | grep .pl
Dans le bon dossier evidemment.
avant comme aprés avoir lancé le script perl 
perl Makefile.PL
il me renvoie la même chose: 
-rw-r--r--   1 501 501 171822 déc 16  2003 bptutorial.pl
drwxr-xr-x  17 501 501   4096 déc 22  2003 examples
par contre, si je lui envoie ça: 
$ ls -l | grep .PL
il me renvoie ça:
-rw-r--r--   1 501 501  13067 déc 15  2003 Makefile.PL
-rw-r--r--   1 501 501   3775 jan 10  2003 PLATFORMS
alors, qu'en penses tu: devrais-je aller voir dans le script perl et faire des "print" pour voir jusqu'où il va???
Bon, maintenant tu sais comment s'appelle le fichier qui cree le makefile, on peut etre sur que la commande est bien perl Makefile.PL (desole si tu le savais, mais par forum interpose c'est pas toujours facile de se rendre compte des choses a part en posant des questions bateau 😉)

Ce que je comprends pas c'est qu'il n'y ait aucun retour de la commande : 
$ perl Makefile.PL
Pas une erreur, pas une reussite... :-?

Franchement je sais pas quoi te dire. T'es dans un dossier ou tu as les droits d'ecriture ? (pour creer le makefile). Tu as bien installe tous les prerequis d'installation ?
bochecha wrote:Bon, maintenant tu sais comment s'appelle le fichier qui cree le makefile, on peut etre sur que la commande est bien perl Makefile.PL (desole si tu le savais, mais par forum interpose c'est pas toujours facile de se rendre compte des choses a part en posant des questions bateau 😉)

Ce que je comprends pas c'est qu'il n'y ait aucun retour de la commande : 
$ perl Makefile.PL
Pas une erreur, pas une reussite... :-?

Franchement je sais pas quoi te dire. T'es dans un dossier ou tu as les droits d'ecriture ? (pour creer le makefile). Tu as bien installe tous les prerequis d'installation ?
aucun probleme, c'est déjà trés sympa de vous pencher sur mon probleme, et avec moi, il vaut mieux s'assurer que j'ai respecté les fondamentaux, car je suis loin de les connaitre...:roll:

le terminal ne me renvoie rien, aucun retour de commande...

je suis root ,superutilisateur pour tous les dossiers, mais au cas où, comment vérifier que j'ai bien les droits d'ecriture dans le dossier que je créé???

comment savoir aussi si j'ai bien installé tous les prérequis d'installation???

je suis une vraie bille avec un terminal, je ne maîtrise pas beaucoup de commandes de shell....🙁:roll:
A priori tu n'es pas sense faire tout ca en root mais en simple utilisateur. Tu n'as besoin d'etre root que pour le make install de la fin. Enfin je ne pense pas que ca soit la source de l'erreur.

Mets toi simplement sous ton user normal, teleharges l'archive normalement, met la dans un repertoire qui t'appartient (chez moi c'est /home/mathieu/Telechargements par exemple) et la tu commences :
- extraction -> tar xzvf ...
- placement dans le bon dossier -> cd ...
- installation -> perl ... etc...

Et seulement avant de faire la derniere commande (make install) tu te places en root : 
$ su -
# cd /repertoire/de/larchive
# make install
Encore une fois, ca changera surement rien a ton probleme, c'est juste des bonnes habitudes a prendre 😉

Pour verifier si tu as tout les prerequis... fouille le site de l'editeur et regarde de quoi ton programme a besoin. S'il etait en rpm ca se ferait tout seul, mais quand faut compiler... :-?
Tu dis que tu as une version récente de Perl (5.8.6), mais la dernière est la 5.8.8 il me semble. Tu peux déjà mettre à jour pour voir si ça change quelque chose (par "yum install perl" ou yumex).

Aussi, quand tu dis que "perl Makefile.PL" en terminal ne te donne rien, veux-tu dire que tu n'as même pas le message d'accueil du script (recopié ci-dessous) :

-- DEBUT COPIE --
*** Script Install Section ****

Bioperl comes with a number of useful scripts which you may wish to install.
Install [a]ll Bioperl scripts, [n]one, or choose groups nteractively? [a]
-- FIN COPIE --

Qu'est-ce que tu appelles rien ? Tu reviens au prompt ou tu reste comme ça en suspend comme lorsque tu lance "perl" seul et que donc tu entre en sessiosn Perl en attente de commandes Perl ?

Enfin, peut-être as-tu un environnement de développement Perl dans lequel tu peux charger et lancer le script pas-à-pas ? J'utilise ActiveState Komodo (ils ont une version d'essai ici : http://www.activestate.com/Products/Komodo/). Sinon, il doit bien y avoir un IDE Perl dans les packages Fedora orientés developpement : si quelqu'un peut nous indiquer un nom ?

--
EDIT :

Sinon, après avoir mis à jour Perl et avant de te lancer dans un debuggage du script Makefile.PL, tu peux (j'ai vérifié sur le wiki bioperl) installer bioperl via le module CPAN.pm : http://search.cpan.org/~andk/CPAN-1.8802/lib/CPAN.pm. Une fois CPAN installé, tu fais "perl -MCPAN -e shell", puis "install le_nom_de_ton_module" (le nom de ton module étant "Bundle::BioPerl" - sans guillemets - selon le fichier INSTALL que je vois dans l'archive bioperl-1.4 ou "[Bundle::BioPerl] Bio:😛erl" selon d'autre sites sur lesquels j'ai vu parler de bioperl). Quand tu veux quitter CPAN, c'est la commande "quit".

Sinon, y a aussi CPANPLUS, mais connais pas.

--
EDIT # 2 :

Enfin, si tu ne réussis pas à installer la 1.4, apparemment, il y a des version dites non stables ("developer version" selon leurs mots) qui parfois le sont aussi. Tu trouves ça ici : http://cvs.bioperl.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioperl-live/?cvsroot=bioperl ; à ce que j'ai lu le core bioperl comme le 1.4 que tu veux installer s'apelle "bioperl-live" dans leur terminologie. On y remarque par exemple qu'il y a eu plein de Makefile.PL depuis la 1.69 (écrit dedans) livré avec ce bioperl 1.4 et que dans les dernières versions, ils n'utilsent plus un Makefile.PL mais un Build.PL avec possibilité de générer un Makefile.PL à partir de cet autre script : c'est expliqué ici : http://cvs.bioperl.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioperl-live/Makefile.PL?rev=HEAD&cvsroot=bioperl&content-type=text/vnd.viewcvs-markup.

M'enfin, le but n'était pas de te noyer, mais de multiplier les possibilités, surtout si tu dois absolument réussir à installer ce bioperl. Si ce genre de truc m'arrivait (et il m'arrive : en ce moment, je ne réussi pas à compiler un environnement de développement, pour un compilateur basic, du nom de FBIde, mais bref...), je ferais ça : mise à jour Perl et réessai, essai par CPAN.pm, essai de debuggage pour voir la ligne qui coince, install de la dernière version developer puisque je n'ai plus rien à perdre 😉

Bon courage et dis-nous comment ça avance