Bon on peux pas dire que les réponses est été énorme :-P
Pas grave, en tout cas j'ai résolu mon problème !
C'est simple, il suffit d'ajouter un fichier dans /etc/profile.d avec la ligne suivante pour remplacer le home par défaut de la toolbox :
HOME=/home/myToolboxHome
maintenant je peux avoir des fichiers de configuration spécifique pour ma Toolbox 8-)