ça ça peut t'aider :
https://trac.ffmpeg.org/wiki/Concatenate ?
Très honnêtement je n'ai jamais essayé, car j'ai toujours eu à faire à des besoins de montage, aussi légers soient-ils.
Mais chaque fois que je me suis frotté à ffmpeg en CLI (pour d'autres besoins, la plupart pour traitement par lot : recompression, changement de format, d'aspect ratio, injection ou extraction de pistes, ...) il a toujours fait le boulot impeccablement.
Les seuls soucis que j'ai eu avec lui sont dus à des tuto obsolètes (donc pas sa faute au final)