En fait gnome-tweak-tool, il récupère les appli. qui sont dans ton menu Application et crée un fichier de démarrage dans ton dossier .config/autostart/
Donc pour tes propres applications, tu as le choix soit utiliser un utilitaire comme Appeditor pour rajouter ton ou tes raccourcis d'appli dans le menu Application et puis après faire le lien avec Gnome-tweak-tool ce qui est un peu tordu je dois dire.
Soit directement te faire ton lanceur dans ton dossier .config/autostart/ ce qui est le plus simple.
Exemple avec le navigateur Chromium :
[Desktop Entry]
Type=Application
Exec=/usr/bin/chromium-browser --no-startup-window #le --no-startup-window c'est pour dire qu'elle doit se lancer en tache de fond
X-GNOME-Autostart-enabled=true #Si cette ligne est sur true, alors l'application se lancera automatiquement
Name=Chromium
Edit tu l'enregistres sous le nom : Nom-de-l'application.desktop