Non je n'ai rien trouvé dans les logs.
Ce dont je suis désormais sûr après avoir ajouté un echo dans le script c'est que /etc/X11/xinit/xinitrc.d/numlockx.sh qui est installé par le package numlockx est bien exécuté au démarrage:
févr. 24 13:59:41 localhost.localdomain /usr/libexec/gdm-x-session[1865]: /etc/X11/xinit/xinitrc.d/numlockx.sh