Voila mon code:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=true
Icon[fr_FR]=gnome-panel-launcher
Exec=ssh -Yf "Ma machine" "mon application"
Name[fr_FR]=Eclipse Neon
Name=Eclipse Indigo 64 Bits
Icon=/usr/share/icons/Eclipse.png
Je precise que la ligne Exec= s'execute sans probleme dans un terminal.