Bonjour,
Pour le stockage local = samba sans hésiter. Tu peux créer des comptes utilisateurs, des partages etc.
Pour que ça soit accessible à distance, ça peut rejoindre le besoin de messagerie, tu as des solutions comme Peps
https://github.com/MLstate/PEPS ou l'incontournable Kolab
http://kolab.org/overview
Owncloud pour ce que j'ai vu du code ça m'a plutôt fait peur. Mais bon ceci dit il fait le boulot. Reste à voir comment utiliser le même stockage et retrouver ces fichiers aussi bien dans ce genre de solution que via Samba. Est-ce que c'est nécessaire d'avoir accès aux mêmes fichiers? Quel type de connexion Internet as tu? Le débit en upload sera déterminant.
L'ensemble sous Linux est de base assez bien sécurisé (ça peut surprendre quand on vient du côté microsoft). Mais là par contre il faudra surement détailler ce que tu entend par sécurisé. Car ça peut aller loin (genre antivirus sur ton samba pour les fichiers qui seront utilisés sur tes postes windows, pour la messagerie etc). C'est donc pas forcément le plus compliqué. L'hebergement de boite mail par contre...
Par contre je conseillerais aussi une CentOS7. Tu ne sera pas trop dépaysé par rapport à Fedora, mais sera vraiment plus adapté à un usage serveur (équivalent RedHat, tu peux donc garder cette version au moins 10 ans tranquil).