Avec la dernière version de ton fichier .spec, je n'ai aucun warning sur des permissions. Assure-toi que ta source 0 a les bonnes permissions (0644) dans ~/rpmbuild/SOURCES/.
Au passage, je note le warning sur la licence :
duckduckgo-search-provider.noarch: W: invalid-license public domain
Attention à la casse : c'est «
Public
Domain » qui est attendu.
Tu peux également résumer ta section %install en une unique commande :
%install
install -Dpm 644 %{SOURCE0} %{buildroot}%{_datadir}/gnome-shell/search_providers/duckduckgo.xml