J'apprécie beaucoup la proposition mais c'est du boulot !
Voici le lien sur le site du plugin Micro-Manager avec un schéma assez clair du principe :
http://micro-manager.org/overview.php
Il faut aussi installer l'application ImageJ (très beau programme de traitement d'image à application scientifique):
http://rsb.info.nih.gov/ij/
ce wiki explique comment procéder avec Ubuntu (assez proche de Fedora) :
http://valelab.ucsf.edu/~nico/MMwiki/index.php/Linux_installation_from_source_%28Ubuntu%29
Pour les sources de Micro-manager, c'est ici :
http://micro-manager.org/downloads.php?object=source
Pour récupérer le dernier cvs, c'est la commande :
svn co
https://valelab.ucsf.edu/svn/micromanager2/branches/micromanager1.3
Ensuite pour compiler Micro-Manager :
il faut d'abord installer ImageJ (dans /usr/local), installer swig (par yum) et ACE-wrappers (/
http://download.dre.vanderbilt.edu/previous_versions/ACE-5.7.6.tar.gz).
il faut une version java-1.6-JDK (celle de Sun est recommandée, moi j'ai installe java-1.6.0-openjdk par yum).
Pour ma part, le make general dans le repertoire ../micromanager1.3 a produit des erreurs dans MMCoreJ_wrap/ et j'ai du faire le make directement dans le repertoire ../micromanager1.3/MMCoreJ_wrap.
Si tout se passe bien jusqu'au "make install", il faut ensuite copier les fichiers bsh-2.0b4.jar et swingx-0.9.5.jar depuis ../micromanager1.3/classext/ dans /usr/local/ImageJ/plugins/.
Au lancement d'ImageJ (./run dans le repertoire /usr/local/ImageJ), il faut aller dans le menu plugins->Micro-Manager->Micro Manager Studio.
Ca commence à planter à ce moment chez moi avec plein d'erreurs java.
En principe, en l'absence de caméra d'acquisition, le plugin ouvre un fichier MMconfig_demo.cfg, qu'on peut charger manuellement depuis la fenetre Micro-manager par tools->Load hardware Configuration.
Voilà. Pas vraiment immédiat...