Pour ce que tu veux faire, je te suggère un parcours ligne par ligne de ton fichier, avec un compteur pour compter les lignes : juste après
no_ligne=1
while read ligne; do # chaque ligne du fichier $fichier est stockée dans la variable $ligne
echo "$ligne" # juste pour test, on affiche la ligne courante lue
let no_ligne++ # on incrémente le compteur $no_ligne à chaque tour de boucle
done < "$fichier"
Pour tester si une ligne contient « <div id="pied"> » (on tient compte de l'indentation de la ligne ou bien d'éventuels espaces placés après le div) :
if [[ "$ligne" =~ "^\s*<div id=\"pied\">\s*$" ]]; then
...
fi
Pour supprimer la ligne numéro $machin de ton fichier $fichier :
sed "${machin}d" "$fichier"
Avec ces quelques éléments, tu devrais pouvoir finir ton script.