Si ça peux aider voici la procédure que j'ai suivie, en concaténant les différents posts des contributeurs. Je suis sous une architecture 32bits, elle est donc à adapter pour les x64 :
1/ Installation jre dans le répertoire /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13 à partir du fichier téléchargé du site de SUN (jre-6u13-linux-i586.bin)
2/ Déclaration de la jvm avec "alternatives"
[root@arthur ~]# /usr/sbin/alternatives --config java
Il existe 3 programmes qui fournissent « java ».
Sélection Commande
-----------------------------------------------
*+ 1 /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk/bin/java
2 /usr/lib/jvm/jre-1.5.0-gcj/bin/java
3 /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13/bin/java
Entrez pour garder la sélection courante [+] ou saisissez le numéro de type de sélection : 3
Vérification de la prise en compte :
[root@arthur ~]# /usr/sbin/alternatives --config java
Il existe 3 programmes qui fournissent « java ».
Sélection Commande
-----------------------------------------------
* 1 /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk/bin/java
2 /usr/lib/jvm/jre-1.5.0-gcj/bin/java
+ 3 /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13/bin/java
Entrez pour garder la sélection courante [+] ou saisissez le numéro de type de sélection :
3/ Activation du plugin pour Firefox avec alternatives
/usr/sbin/alternatives --install /usr/lib/mozilla/plugins/libjavaplugin.so libjavaplugin.so /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so 2
4/ Sélection du plugin pour firefox avec alternatives :
[root@arthur ~]# /usr/sbin/alternatives --config libjavaplugin.so
Il existe 2 programmes qui fournissent « libjavaplugin.so ».
Sélection Commande
-----------------------------------------------
*+ 1 /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk/lib/i386/IcedTeaPlugin.so
2 /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so
Entrez pour garder la sélection courante [+] ou saisissez le numéro de type de sélection : 2
Vérification de la prise en compte du plugin :
[root@arthur ~]# /usr/sbin/alternatives --config libjavaplugin.so
Il existe 2 programmes qui fournissent « libjavaplugin.so ».
Sélection Commande
-----------------------------------------------
* 1 /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk/lib/i386/IcedTeaPlugin.so
+ 2 /usr/lib/jvm/jre1.6.0_13/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so
Entrez pour garder la sélection courante [+] ou saisissez le numéro de type de sélection :
5/ Relancer Firefox
Taper about:plugins dans la barre d'adresse et vérifier que le jre 1.6.0.13 est pris en compte et que IcedTea n'est plus prioritaire.