Peut-être dans
~/.var/app/org.inkscape.Inkscape/config/inkscape/preferences.xml
Je n'ai pas d'autre références j'utilise aussi le flatpack
Ou bien plus simplement dans les préférences d'inkscape :
Système / Données système
"re-ou" il y a un fichier
~/.var/app/org.inkscape.Inkscape/config/user-dirs.dirs
Les applications flatpack son dans ~/.var/app/