SElinux ne fait pas que rajouter de nouvelles fonctionnalités mais change bel et bien le mode de fonctionnement du noyau.
Les modules sont grossierement des simples drivers non indispensables que l'on chargent et dechargent dynamiquement en fonction des besoins, mais à la difference de SELinux ils ne changent pas le comportement du noyau. le module ntfs n'est qu'un driver donc qu'une interface entre le noyau et ta partition ntfs mais n'influe pas sur la façon dont le kernel agit.
SElinux introduit de nouveaux concepts et en supprime certains comme le super-user (Cf le site de la NSA)
http://www.nsa.gov/selinux/info/faq.cfm#I2
http://people.redhat.com/kwade/fedora-docs/selinux-faq-en/index.html#id3101322
D'ailleurs avant la fedora core 2, il fallait rebooter pour que la desactivation de SElinux soit effective.