Tu a quoi dans la section "InputDevice" de ton fichier /etc/X11/xorg.conf ?
Chez moi j'ai çà :
Section "InputDevice"
Identifier "Mouse0"
Driver "mouse"
Option "Protocol" "IMPS/2"
Option "Device" "/dev/input/mice"
Option "ZAxisMapping" "4 5"
Option "Emulate3Buttons" "yes"
EndSection
Essaye de voir si tu peut changer des truc ...