L’avantage de la mise a jour au boot est lorsqu’il y a des paquet type noyau ou pilote, ça évite la probabilité de bug.
Un cas facile à produire pour bien comprendre. On lance firefox, on le met à jour via dnf. En ouvrant un nouvel onglet ou en chargeant une nouvelle page, il va y avoir un disfonctionnement et firefox demandera a être redémarré. Sur quelque chose de plus bas niveau l’impact pourrait être plus important.
Bon en général je n’ai jamais eu de soucis avec un kernel, mesa etc muse a jour via dnf.