Voir cette méthode :
Récupérer les rpm des repos
Faire un (si mes souvenirs de la commande rpm sont bon, à vérifier) :
sudo rpm -i --force --replacefiles --replacepkgs nomdurpmdurepo.rpm
Cela devrait réinstaller les paquets en remplaçant tout les fichiers.
Il doit y avoir un moyen d'en faire de même avec dnf.
Au moins on repart sur des bonnes bases.