Ton fichier est correct, normalement avec une locale fr_FR tu devrais avoir un fichier user-dirs.dirs comme ceci
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Bureau"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Téléchargements"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Modèles"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Musique"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Images"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Vidéos"
Comme dit plus haut je ne comprends pas pourquoi chez toi c'est différend, tu as dû le modifier manuellement pour retrouver tes répertoires utilisateur.
En revanche je ne comprends pas les 3 dernières lignes.
Les 3 dernières ligne sont commentées (# en début de ligne), elles ne sont pas prises en compte.
Ce sont des alternatives au cas ou l'on veut que Musique, Images et Vidéos soient des sous-répertoires de Documents.
N'y touche pas c'est juste pour comprendre comment que ça se passe.
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Edit: le fichier /etc/xdg/user-dirs.defaults n'est pas utilisé pour la session utilisateur mais c'est un modèle pour la génération du fichier ~/.config/user-dirs.dirs.