Je vois 2 gros problème au final dans tout ça, qui pourrait se résoudre sans trop de soucis:
1) Déjà il faudrait comprendre pourquoi ta Fedora grossit et manque vite d'espace. Ce n'est pas normal. Histoire déjà de te supprimer ce problème. Que donne
lsblk -f
?
2) Pour ton histoire d'archiviste pour comparer des arborescences tu peux lancer le gestionnaire "Fichiers" et ouvrir 2 fenetres, passer en mode liste etc.
Mais y'a mieux pour comparer et ne copier que les fichiers modifiés, ça fait longtemps que ça existe, ça s'appelle rsync. Tu as même des interfaces graphique (grsync me semble), et tu a des outils plus pousser comme rclone (qui s'appuie toujours sur rsync). L'idée c'est d'avoir un script, bref un truc, qui lance le rsync avec tes différents repertoires sources (si tu en a plusieurs), et va synchroniser, c'est à dire copier, que le necessaire (c'est à dire les fichiers modifiés), sur ta cible (clef ou disque externe). Parceque faire ça à la main, c'est inhumain.
En bonus, l'idéal là serait d'investir dans un petit NAS, si tu veux ajouter un peu de sécurité (vu qu'en général ils ont 2 disques pour palier la panne). Et surtout c'est accessible via le réseau (samba en général), donc ça passe sous tout OS. Mais bon ça coûte.