Là ça sent le bug de dépendances, car il ne devrait pas y avoir une installation des guest-additions...
En regardant les dépôts:
dnf repoquery --whatrequires virtualbox-guest-additions
akmod-VirtualBox-0:6.0.4-4.fc30.x86_64
akmod-VirtualBox-0:6.0.6-3.fc30.x86_64
C'est bizarre en effet.
# rpm -qa | grep -i virtualbox
VirtualBox-6.0.6-3.fc30.x86_64
VirtualBox-server-6.0.6-3.fc30.x86_64
kmod-VirtualBox-5.0.9-300.fc30.x86_64-6.0.6-3.fc30.x86_64
akmod-VirtualBox-6.0.6-3.fc30.x86_64
VirtualBox-kmodsrc-6.0.6-3.fc30.noarch
kmod-VirtualBox-5.0.14-300.fc30.x86_64-6.0.6-3.fc30.x86_64
Surtout que si j'essaye d'install les guest-additions, il me remet la version 6.0.4 de virtualbox, puis crash si je fais une mise à jour.
(avec la même erreur que toi)
Et pour m'en sortir:
dnf remove virtualbox-guest-additions
dnf upgrade
Perso, chez toi, j'essayerai:
dnf install VirtualBox --exclude=virtualbox-guest-additions
EDIT:
Et si je supprime VirtualBox et tous les paquets ayant virtualbox dans le nom, il ne cherche pas à me mettre les guest-additions.