Le plus simple c'est de surveiller l'espace disque avant de se prendre la tête. L'utilisation d'un cleaner, s'il est mal adapté, mal utilisé, peut supprimer des fichiers importants. C'est le cas pour tout OS confondu.
Pour rappel, un cache c'est pour faire gagner du temps. Le vider régulièrement c'est casser cet intérêt.
Pour dnf, tu peux lui demander de temps en temps, de faire un gros nettoyage.
dnf clean all
mais j'y vois pas l'interêt tant que tu as plein d'espace libre. Si tu fais tes mises à jour via la ligne de commande et que tu veux être sur que dnf rafraichisse ses caches, tu peux faire plutôt un
dnf update --refresh
Tu as l'excellent outil baobab qui permet visuellement de voir ce qui prend de la place sur le disque. Vaut mieux comprendre l'usage qui est fait du disque, que de juste vouloir vider des caches.
Pour le cleaner je laisse répondre ceux qui s'en servent.