Bah non si tu installes Logiciel tu te retrouves à installer Gnome et idem avec Plasma/KDE.
Je te conseillerais plutôt d'installer dnfdragora qui lui ne dépends pas du bureaux utilisé.
Maintenant si je comprends ta question, si tu passes sur le site
https://flathub.org/apps est ce que tu arrives à installer une application simplement en cliquant sur install ? Si c'est non il te propose quoi ?