Un petit rappel avant de répondre, c'est pas bien de lancer gedit avec les droits superutilisateurs, ll y a nono, vim etc ...
La réponse: C'est dû à wayland qui dans un souci de sécurité n'autorise pas l'ouverture de fenêtre graphique avec les les droits élevés. Le bug est signalé et pas encore résolu. J'ai déja eu l'expérience en tentant de lancer gparted sous une session wayland (voir
ce fil)
Solution1 proposée par didli: exécuter
xhost + avant de lancer l'application.
Solution2: démarrer avec une session xorg.