Normal pour la commande, c'est des commandes DEBIAN et dérivé (ubuntu, etc...).
Lance un terminal de commande sous gnome et tape ("su - lc" vas te demander ton mot de passe root/superutilisateur le temps de la commande) :
su -lc 'dnf clean all && dnf upgrade -y'
cela vas permettre de faire une mise à jour propre (sous Fedora on utilise DNF et non apt-get).
Si cela n'apporte pas de solution tu peux aussi refaire l'étiquetage des fichiers par selinux (une sécurité qui est parfois très pénible) avec la commande suivante :
su -lc 'touch /.autorelabel && reboot'
et attend que le travail se fasse, cela peut être long selon la vitesse de tes unités de stockage.
Après donne plus d'informations sur ta machine, parce que il y a peut être des explications bien plus simple à fournir.