Bon, j'ai renommé /var/lib/dnf/history/ en /var/lib/dnf/history.old/ et je n'ai plus cette longue liste, d'ailleurs je n'ai plus rien :
[root@host-192-168-1-2 ~]# dnf history list
Vérification de l'expiration des métadonnées effectuée il y a 1 day, 7:38:25 sur Sun Mar 6 07:17:21 2016.
Pas de transaction
[root@host-192-168-1-2 ~]#
Mais ce n'est pas grave, j'aurai un nouvel historique après la prochaine mise à jour.
Je passe le sujet en résolu.