Salut,
J'ai eu la même mauvaise surprise en essayant d'accéder à mes fichiers ownCloud via Nautilus. Il me répondait "TLS certificate unacceptable".
J'ai donc copié le certificat en question dans
/etc/pki/ca-trust/source/anchors/
puis (en root)
update-ca-trust
Un rédémarrage de Nautilus et plus de soucis.
Cela peut peut-être t'aider.