Bon, j'ai gratte un peu autour du truc ...
En fait pdfmod ne peut pas modifier des fichiers pdf proteges (ce qui est normal).
Alors il faut dabord faire sauter la protection avec :
gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=OUTPUT.pdf -c .setpdfwrite -f INPUT.pdf
Il y a juste a adapter en changeant OUTPUT.pdf (fichier protege) et INPUT.pdf (fichier copie non protege).
Ensuite pdfmod marche correctement.
Source.