dnf clean all
ça fait le nettoyage dans le cache 😉.
Yumex version yum le fait quand tu le lance (par défaut).
Il faut savoir que le cache n'est pas renouvelé en temps réel, mais une fois par jour à une heure prédéfini (bon tu peux toujours régler le comportement).
Pour yumex tu peux installer la version dnf "yumex-dnf" qui fera la même chose mais en utilisant DNF.