De mémoire, il y a quelque chose sur ce sujet sur un blog appartenant à Bastien Nocera...
EDIT: Je dirais sur
http://www.hadess.net/ non pas dans un article du blog mais dans des commentaires de ceux-ci....
Toujours de mémoire, il me semble qu'il est expliqué que, par design, Totem présentait tous les fichiers vidéos se trouvant dans les répertoires de l'arborescence ~/Vidéos et que la solution était de placer les fichiers que l'on ne voulait pas voir affichés au lancement de Totem dans une autre arborescence...