Je ne pense pas que ça vienne de la carte graphique ou de son pilote, ça a l'air plus sérieux que ça.
Tu peux nous indiquer ce qu'il y a eut dans la dernière mise à jour ?
yum history info
ou la fin de: /var/log/yum.log
ou depuis que ça fait ça
EDIT:
Mais il y a quand même beaucoup de permission denied.
Tu as désactivé selinux comment ? Généralement, on ne le désactive pas, mais on le met en permissive en modifiant le fichier: /etc/selinux/config