Le fichier gpg.conf est dans /etc je suppose ? Tu n'as rien dans ~/.gnupg/ ?
Si tu crées le fichier gpg-agent.conf dans ~/.gnupg/, et que tu mets ces deux paramètres, est-ce que ca change quelque chose (il faut redémarrer le service gpg-agent je pense, voire la session) ? Je ne sais pas si tu utilises gpg-agent ou un autre service (seahorse se base sur gpg-agent ?)
L'unité de valeur des deux paramètres est en seconde, et par défaut c'est 2h, tu as pu vérifier ça par hasard ?
EDIT : Y a bien gnome-keyring qui démarre aussi par défaut et c'est lui qui doit jouer, donc avant de créer le fichier de conf, il faudrait désactiver gnome-keyring-gpg :
http://askubuntu.com/questions/349238/how-can-i-clear-my-cached-gpg-password/381221#381221