En créant le repo copr pour Gnome 3.12, on peut régler la priorité d'un dépôt semble-t-il.
Sinon, j'ai cherché par curiosité et j'ai trouvé ceci (en anglais) qui devrait pouvoir t'aider :
http://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora/14/html/Software_Management_Guide/ch04s08s02.html
J'imagine qu'il suffit de commenter la ligne commençant par "baseurl" puis d'en recréer une en-dessous avec simplement l'url du dépôt voulu comme "baseurl" justement.
