J'ai donc réinstallé en partitions automatiques simples Fedora.
Il m'a créé de nouvelles partitions (boot en ext4, root et home) alors que 2 d'entre-elles existaient déjà (dont boot en ext2).
J'ai relancé la mise à jour.
sudo yum update
Les environs 650 étapes ont été réalisées en 1 seule fois
Le système semble jusqu'à présent fonctionner correctement.
La dernière fois, mon poste avait gelé à la moitié des mises à jour. Je l'avais rebooté et relancé la commande.
Apparemment il n'aime pas planter en cours de mise à jour, ce qui me fait craindre les prochaines mise à jour.