Bonjour,
la syntaxe d'un fichier CUE est assez simple : pour peu que tu aies les temps précis marquant chaque chanson dans ton .flac, tu pourrais l'écrire rapidement :
http://fr.wikipedia.org/wiki/.cue
Une fois ton fichier CUE écrit, tu pourras par exemple utiliser la commande bchunk pour découper ton fichier musical, après l'avoir converti au format WAV.