Les erreurs indiquées ne sont pas bloquantes, elles indiquent juste que la configuration de ton conky est obsolète.
Conky: /home/matt/.conkyrc: 21: no such configuration: 'border_margin'
'border_margin n'existe plus et est remplacé par border_inner_margin et border_outer_margin.
Conky: use_spacer should have an argument of left, right, or none. 'no' seems to be some form of 'false', so defaulting to none.
use_spacer ne prend plus comme valeur true ou false, mais left, right, ou none.
Voir ici pour plus de détails:
http://conky.sourceforge.net/config_settings.html
Pour tes problèmes de transparence, il faudrait que tu nous fournisses ton conky, mais je soupçonne un problème avec l'utilisation du composite sur ton bureau.