Normalement tout ce que tu bidouilles en utilisateur normal ne peut pas casser ton systeme. Ce que tu peux "abimer" à la limite c'est ta session graphique (Gnome/KDE/etc). Leurs fichiers de configuration sont habituellement stockés dans le /home de l'utilisateur. Les deplacer pour remettre tout ça au propre suffit largement en général. Tu peux pour faire plus simple en créant un nouvel utilisateur tout neuf, qui partira forcément avec des fichiers de configuration propre, et si ça règle le soucis, tu saura que ça vient de là.
Si c'est en root que tu bidouilles, là en effet, tu peux tout casser. Tu peux reinstaller un paquet, si tu as modifié ou supprimé un fichier de configuration par ex:
yum provides /chemin/vers/fichier/de/conf/supprimé
te donnera le nom du paquet concerné
yum reinstall le_paquet
ça aide pas mal.
Tu peux aussi vérifier tous les fichiers modifié depuis leur installation par RPM:
rpm -qVa
Bon, faut savoir faire le trie.
Sinon, une fois ton installation toute propre, un clonezilla par ex pour faire un backup global c'est très pratique.
Et les grosses bidouilles, utilises des machines virtuelles. Ta fedora d'origine inclut un hyperviseur (si ton CPU le supporte), KVM, qui est très pratique.
Précise peut être un peu plus ce que tu as fait. Un truc déconseillé aussi est d'installer des RPM qui ne viennent pas des dépôts officiels, c'est ce que font souvent les gens trop formaté windows.
