Bonjour et merci pour vos réponses.
@jeannot : j'utilise l'application Terminal (c'est bien son nom, avec un T majuscule) et c'est plus ou moins la même chose que le terminal de gnome pour régler les couleurs (mais je le trouve plus à mon goût). Le problème ne vient pas de là, j'étais sous debian avant avec le même logiciel et je pouvais régler comme je le souhaitais les différentes couleurs.
D'ailleurs je viens de remarquer que certaines couleurs de la palette (deux sur seize) répondent au changement mais pas les autres, c'est à n'y rien comprendre.
Si j'ai bien compris le fichier DIR_COLORS permet de définir le type de couleur à afficher selon les fichiers mais il ne règle pas mon soucis de modification de couleurs via la palette.