Salut,
il n'existe pas de logiciel de défragmentation de système de fichiers NTFS sous Linux. (à ma connaissance)
J'ai fait une recherche google et j'ai trouvé ceci :
fsck -t ntfs --kerneldefrag /dev/sda1
Sur ma Mageia, j'ai pas d'option "-t" et je ne suis pas sur que (si ça marche) ça ne pète pas totalement le système de fichiers....
Et je ne pense pas qu'une défragmentation via Wine soit fonctionnelle....
Le mieux reste de défragmenter les partitions NTFS avec Windows.