Fraps j'avais vu un truc mais je ne sais plus. Nero ==> K3b.
Après pour l'encodage pur et dur je privilégie ffmpeg et mencoder en ligne de commande.
Sinon tu as Avidemux.
Si c'est vraiment de la très simple convertion tu as homere57, qui a fait un convertisseur
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=57978 mais il est surtout là pour dépanner ou ne pas se prendre la tête.