Pour ma part, j'ai une installation propre de F18 Beta en 64bits et je n'ai pas rencontré ce problème, pourtant :
$ rpm -qa gtk3*
gtk3-immodule-xim-3.6.4-1.fc18.x86_64
gtk3-3.6.4-1.fc18.x86_64
et
$ rpm -qa gtk2*
gtk2-immodule-xim-2.24.13-1.fc18.x86_64
gtk2-2.24.13-1.fc18.x86_64
J'ai donc bien les dernières versions citées... mais j'ai fait la MàJ le 05/01/13.
Et
/etc/X11/xinit/xinput.d/im-cedilla.conf existe bien chez moi aussi pour info.