Fedora-Fr

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Difficulte d'acces a des librairies

Yoshette

Bonjou,

tout d'abord une presentation generale: J'utilise Fedora 17 (mise a jour y 5 min) KDE version.

Je souhaite utiliser le logiciel d'analyse statistique R dans le cadre de mon activite professionnelle.
Pour cela, j'ai a la fois installe R et Rstudio (une application apportant une interface graphique donc legerement plus conviviable pour mes collegues). Sur mon parc windows, cela marche parfaitement. Mais j'aimerais avoir ces meme outils sur ma LinuxBox (mon ordinateur pro personnel).

Mon probleme: quand je lance rstudio (sorte de frontend donc) j'obtiens ce message:

rstudio: symbol lookup error: /lib64/libgobject-2.0.so.0: undefined symbol: g_date_time_unref

J'essaie ensuite de lancer directement R en mode terminal. Il se lance. Mais des que j'essaie de dessiner un graph (meme vide) (commande layout(1) par exemple), j'obtiens a nouveau une erreur equivalente:

> layout(1)
Erreur dans function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
  impossible de charger le module X11
De plus : Message d'avis :
In function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  :
  impossible de charger l'objet partagé '/usr/lib64/R/modules//R_X11.so':
  /lib64/libgmodule-2.0.so.0: undefined symbol: g_rec_mutex_lock

Ce qui m'interpelle (car je dois ne pas y connaitre assez) c'est que si je lance les deux applications en tant que root tout marche. Rstudio se lance parfaitement. Interface graphique ok et tout.
Pareil pour la base R.

Je dirais que j'ai un probleme de droit. Mais je ne vois pas comment resoudre cela.
Toute aide est bien venue

nouvo09

Et comment est réglé SElinux ?

Yoshette

Bonjour desole du retard dans mon retour et merci du tien.

Je dirais que SElinux est configure par defaut. Je n'y ai pas touche.

Voila le config:

# This file controls the state of SELinux on the system.
# SELINUX= can take one of these three values:
#     enforcing - SELinux security policy is enforced.
#     permissive - SELinux prints warnings instead of enforcing.
#     disabled - No SELinux policy is loaded.
SELINUX=enforcing
# SELINUXTYPE= can take one of these two values:
#     targeted - Targeted processes are protected,
#     minimum - Modification of targeted policy. Only selected processes are protected. 
#     mls - Multi Level Security protection.
SELINUXTYPE=targeted

et semanage.conf

# Authors: Jason Tang <jtang@tresys.com>
#
# Copyright (C) 2004-2005 Tresys Technology, LLC
#
#  This library is free software; you can redistribute it and/or
#  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
#  License as published by the Free Software Foundation; either
#  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
#
#  This library is distributed in the hope that it will be useful,
#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
#  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
#  Lesser General Public License for more details.                                                                                                           
#                                                                                                                                                            
#  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public                                                                                          
#  License along with this library; if not, write to the Free Software                                                                                       
#  Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA                                                                                
#                                                                                                                                                            
# Specify how libsemanage will interact with a SELinux policy manager.                                                                                       
# The four options are:                                                                                                                                      
#                                                                                                                                                            
#  "source"     - libsemanage manipulates a source SELinux policy                                                                                            
#  "direct"     - libsemanage will write directly to a module store.                                                                                         
#  /foo/bar     - Write by way of a policy management server, whose                                                                                          
#                 named socket is at /foo/bar.  The path must begin                                                                                          
#                 with a '/'.                                                                                                                                
#  foo.com:4242 - Establish a TCP connection to a remote policy                                                                                              
#                 management server at foo.com.  If there is a colon                                                                                         
#                 then the remainder is interpreted as a port number;                                                                                        
#                 otherwise default to port 4242.                                                                                                            
module-store = direct                                                                                                                                        
                                                                                                                                                             
# When generating the final linked and expanded policy, by default                                                                                           
# semanage will set the policy version to POLICYDB_VERSION_MAX, as
# given in <sepol/policydb.h>.  Change this setting if a different
# version is necessary.
#policy-version = 19

# expand-check check neverallow rules when executing all semanage commands.
# Large penalty in time if you turn this on.  
expand-check=0

# usepasswd check tells semanage to scan all pass word records for home directories
# and setup the labeling correctly.  If this is turned off, SELinux will label /home 
# correctly only.  You will need to use semanage fcontext command.  
# For example, if you had home dirs in /althome directory you would have to execute
# semanage fcontext -a -e /home /althome
usepasswd=False
bzip-small=true
bzip-blocksize=5
ignoredirs=/root

nouvo09

Alors essaie sous root de taper dans un terminal la commande

setenforce 0

et essaie de nouveau.

Yoshette

Ok. J'ai fait le setenforce 0 en root. Puis en repassant sur un compte utilisateur, j'ai toujours les meme problemes.

Je ne sais pas si setenforce est cense changer les parametres de SElinux. Mais apres avoir tape la commande, j'ai toujours:

[root@XX ~]# setenforce 0
[root@XX ~]# sestatus 
SELinux status:                 enabled
SELinuxfs mount:                /sys/fs/selinux
SELinux root directory:         /etc/selinux
Loaded policy name:             targeted
Current mode:                   permissive
Mode from config file:          enforcing
Policy MLS status:              enabled
Policy deny_unknown status:     allowed
Max kernel policy version:      28

WilQu

Tu es en mode "permissive", ce qui signifie que SELinux est là mais laisse tout passer en se contentant d’enregistrer des alertes. Ce n’est donc pas SELinux qui est la cause du problème s’il est toujours présent.

nouvo09

Je ne sais pas si setenforce est cense changer les parametres de SElinux.

Oui tout à fait mais dans ton cas ça n'a pas suffi. Il y a d'autres causes.

Yoshette

J ai pu verifier pour rstudio (je vais le faire pour R directement) que j'obtiens exactement le meme probleme.
c'est a dire:
marche pas en mode utilisateur
marche si je lance la commande en root.

nouvo09

Il se peut qu'il y ait un problème de droits dans un ou plusieurs des fichiers...

Yoshette

C'est ce que je pensais d'abord. Mais quand je regarde les droits pour le fichier qui pose probleme par rstudio, j'ai cela:

ls -Z /usr/lib64/libgo*
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-1.0.so -> libgoa-1.0.so.0.0.0
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-1.0.so.0 -> libgoa-1.0.so.0.0.0
-rwxr-xr-x. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-1.0.so.0.0.0
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-backend-1.0.so -> libgoa-backend-1.0.so.0.0.0
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-backend-1.0.so.0 -> libgoa-backend-1.0.so.0.0.0
-rwxr-xr-x. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgoa-backend-1.0.so.0.0.0
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgobject-2.0.so -> libgobject-2.0.so.0.3200.4
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgobject-2.0.so.0 -> libgobject-2.0.so.0.3200.4
-rwxr-xr-x. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgobject-2.0.so.0.3200.4
lrwxrwxrwx. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgomp.so.1 -> libgomp.so.1.0.0
-rwxr-xr-x. root root system_u:object_r:lib_t:s0       /usr/lib64/libgomp.so.1.0.0

Cela me semble bien (je suis un poil rouille en admin linux).

nouvo09

Dans l'état actuel, Impossible d'aller plus loin, il faudrait vérifier les sources.

Yoshette

Bon juste un retour pour dire que j'ai fini par resoudre mon probleme.

Apres avoir epluche de nombreux posts, j'ai fini par bien comprendre que le probleme venait de libs 32 utilisees au lieu de libs 64 (l'element declencheur a ete que je ne pouvais pas utiliser 'reboot' sans avoir la meme erreur).

Le probleme venait d'un logiciel (T-coffee - logiciel de bioinformatique pour aligner des sequences). Ce dernier avait tout betement modifie mon .bashrc en rajoutant les lignes :

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
export LD_LIBRARY_PATH

En les commentant tout remarche.

Merci pour ton aide.

MarbolanGos

C'est moche !!! Si ils avaient fait, au pire :

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib

Il n'y aurait pas eu ce problème.