Bonjour, et bienvenue.
0) Tout d'abord, la netiquette impose de ne pas déterrer de vieux messages, histoire de ne pas reveiller les auteurs qui depuis 2012 (8 ans !) sont bien tranquiles.
0bis) L'étude qui dit que debian est dans le Top 10 des OS qui ont le plus de failles est une étude partiale, du FUD, elle vient de la sphère Microsoft (toujours regarder les sources).
Tout ça pour dire que si Debian te plais, et que tu n'as pas de soucis majeur, pas la peine d'en changer.
1) Oui Fedora utilise des paquets, il y en a beaucoup. Il y a une logitheque accessible via différent moyen dont des outils graphiques (celui de Gnome par ex, Logiciels). En ligne de commande, c'est encore plus simple, c'est dnf
Pour la liste des paquets regarde
https://apps.fedoraproject.org/packages/ et tu peux aussi installer des flatpak, de flathub par ex
https://flathub.org/
2) Quelle version ? la dernière
3) stockfish est dans les dépôts, donc "dnf install stockfish" et c'est plié. Regarde la section documentation du site, il y a une page sur dnf, yum etc La commande récente apt s'y inspire tu ne sera pas perdu
Pour pgn_extract je ne vois rien.
4) le shell ça depend lequel. Il y en a des dizaines sous Linux au moins. Je suppose que tu es sous Bash, celui par défaut. Donc pas de soucis, Fedora propose Bash (il s'agit du plus courant).
5) 8Go largement suffisant. 128Go de SSD aussi. Par contre la carte NVIDIA il faudra creuser un peu. Si le LIVE Fedora Workstation passe ce sera bon signe.
Bonne continuation. Si tu as d'autres questions, crée plutôt un fil dédié par question plutôt que reprendre un vieux sujet.