Fedora-Fr

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[Résolu] Intallation GMSH et libfltk

babose

Bonjour,

Je viens d'upgrader de F14 -> F15 -> F16

J'utilisais GMSH sous F14 sans problème. Il s'agit d'un mailleur éléments finis.
Maintenant sous F16, il ne se lance plus avec un message :

gmsh: error while loading shared libraries: libfltk_images.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directory

A priori la libfltk_images est dans le package fltk. Si je lance un yum install fltk, il répond :

Le paquet fltk-1.3.0-1.fc16.x86_64 est déjà installé dans sa dernière version

Quelqu'un peut-il m'aider à trouver la libfltk_images.so.1.1 sous F16 ?

Merci beaucoup

Pikachu_2014

Comment a été installé GMSH ?

babose

C'est un fichier .tgz à décompresser : gmsh-2.5.0-Linux.tgz

Pikachu_2014

j'ai téléchargé l'archive Linux sur http://www.geuz.org/gmsh/#Download ; elle contient l'arborescence suivante :
- bin/
- include/
- share.
J'ai lancé le binaire gmsh dans bin/ sans le moindre problème. Par ailleurs, ni ldd ni objdump n'indiquent de dépendances de ce binaire sur fltk.
Comment lances-tu gmsh ?

babose

Je le lance dans un terminal et il met l'erreur pré-citée.

Pikachu_2014

Peux-tu lancer les deux commandes suivantes sur l'exécutable gmsh, et en poster le retour ?

ldd gmsh
md5sum gmsh

babose

Pour ldd gmsh :

linux-gate.so.1 =>  (0xf77a0000)
	libGL.so.1 => /usr/lib/libGL.so.1 (0xf76f1000)
	libSM.so.6 => /usr/lib/libSM.so.6 (0xf76e9000)
	libICE.so.6 => /usr/lib/libICE.so.6 (0xf76d0000)
	libX11.so.6 => /usr/lib/libX11.so.6 (0xf7597000)
	libXext.so.6 => /usr/lib/libXext.so.6 (0xf7583000)
	libGLU.so.1 => /usr/lib/libGLU.so.1 (0xf750e000)
	libm.so.6 => /lib/libm.so.6 (0xf74e3000)
	libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0xf73f8000)
	libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0xf73db000)
	libc.so.6 => /lib/libc.so.6 (0xf722d000)
	libpthread.so.0 => /lib/libpthread.so.0 (0xf7211000)
	libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0xf720c000)
	libXdamage.so.1 => /usr/lib/libXdamage.so.1 (0xf7209000)
	libXfixes.so.3 => /usr/lib/libXfixes.so.3 (0xf7204000)
	libXxf86vm.so.1 => /usr/lib/libXxf86vm.so.1 (0xf71ff000)
	libdrm.so.2 => /usr/lib/libdrm.so.2 (0xf71f2000)
	libuuid.so.1 => /lib/libuuid.so.1 (0xf71eb000)
	libxcb.so.1 => /usr/lib/libxcb.so.1 (0xf71cd000)
	/lib/ld-linux.so.2 (0xf77a1000)
	librt.so.1 => /lib/librt.so.1 (0xf71c3000)
	libXau.so.6 => /usr/lib/libXau.so.6 (0xf71c0000)

Pour le md5sum gmsh :

1a78bf281735079e02b3bad6328b9e9e  gmsh

babose

Lorsque je lance : ./gmsh il met :

Insufficient GL support
[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range
[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger
[0]PETSC ERROR: or see http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/troubleshooting.html#Signal[0]PETSC ERROR: or try http://valgrind.org on linux or man libgmalloc on Apple to find memory corruption errors
[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run 
[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Signal received!
[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.0.0, Patch 7, Mon Jul  6 11:33:34 CDT 2009
[0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.
[0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.
[0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.
[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: ./gmsh on a umfpack-c named langrenne.cnam.fr by Babose Mon Mar 12 14:36:35 2012
[0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/geuzaine/src/petsc-3.0.0-p7/umfpack-cxx-opt/lib
[0]PETSC ERROR: Configure run at Mon Jul 27 22:43:37 2009
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 --with-scalar-type=complex --with-clanguage=cxx --with-shared=0 --with-mpi=0 --with-x=0 --with-fortran=1 --with-umfpack=1 --download-umfpack=ifneeded
[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file
Abandon

Pikachu_2014

Je ne comprends plus. De toute évidence, nous avons la même version de gmsh, qui ne dépend pas de fltk. Où sont passées les erreurs fltk ? On parlait bien de gmsh plus haut ?
Je ne vois pas comment continuer si on ne sait pas de quoi on parle.

babose

Ben, oui, c'est bien gmsh.

Quand je lance gmsh : il manque la libfltk_image
Quand je lance ./gmsh : il met tout le message ci-dessus

Cela marchait du premier coup sous F14, mais sur ma version F16, cela ne marche plus.
La seule différence entre avant, c'est que j'ai installé octave qui utilise aussi fltk, mais je viens de le désinstaller et gmsh ne fonctionne toujours pas.

babose

Bon, j'avais un gmsh dans /usr/bin
Je l'ai supprimé. Donc maintenant, je ne peux (essayer de) lancer gmsh que dans sa directorie avec ./gmsh

Je n'ai donc plus l'erreur libfltk_image, mais l'erreur : Insufficient GL support
avec la suite dans le précédent post.

babose

J'avais installé gmsh sous F14 par l'intermédiare de yum install gmsh, c'est pourquoi j'avais un gmsh dans /usr/bin.
Cette version ne marche plus sous F16 (manque libfltk...), je l'ai donc désinstallée par yum remove gmsh.
Cela ne résoud pas mon problème, mais explique les deux messages différents entre gmsh et ./gmsh

Je cherche donc une version ou une manière d'installer gmsh sous F16.

Merci

babose

J'ai trouver une rpm : gmsh-2.5.0-4.fc16.src.rpm
Simplement, il me met :
attention: groupe mockbuild inexistant - utilisation de root

Connaissez-vous la procédure d'installation ?

Merci

Pikachu_2014

babose wrote:Bon, j'avais un gmsh dans /usr/bin

Sans doute une ancienne version, le mystère est maintenant résolu

Je l'ai supprimé. Donc maintenant, je ne peux (essayer de) lancer gmsh que dans sa directorie avec ./gmsh

On pourra régler ça en temps et en heure, une fois gmsh de nouveau fonctionnel.

J'ai trouver une rpm : gmsh-2.5.0-4.fc16.src.rpm
Simplement, il me met :
attention: groupe mockbuild inexistant - utilisation de root

Règle essentielle : ne *pas* installer de RPM téléchargé n'importe où. Ça t'évitera entre autres d'installer, comme tu l'as fait ici, un RPM source, i.e. une sorte de « matrice » pour générer des RPM. Il ne contient essentiellement que les sources du programme. Désinstalle le paquet que tu as installé, il ne te sera d'aucune utilité.

Quel est le modèle de ta carte graphique ? Aurais-tu installé des pilotes pour celle-ci ? Si oui de quelle façon ?

babose

Bonsoir,

Je ne suis plus au travail, donc plus l'ordinateur, mais effectivement j'ai souvent eu des problèmes issus de la carte graphique (matlab qui plantait...). Je ne sais pas installer une carte graphique, donc je ne me suis jamais penché sur le problème. SI vous pouvez me guider, cela m'aidera sans aucun doute.
Comment faire pour connaitre sa carte graphique ? De toute façon, je ne pourrais vous répondre que demain.

Merci encore.

babose

Bonjour,

Bon, j'y suis (au bureau). J'ai une carte graphique : PNY QUADRO 600
La commande fglrxinfo est inconnue.

La commande : cat /proc/bus/pci/devices | grep VGA || lspci | grep VGA | colrm 1 4

 0.0 VGA compatible controller: nVidia Corporation GF108 [Quadro 600] (rev a1)

La commande glxinfo | egrep -A2 "direct rendering|OpenGL vendor"

direct rendering: Yes
server glx vendor string: NVIDIA Corporation
server glx version string: 1.4
--
OpenGL vendor string: NVIDIA Corporation
OpenGL renderer string: Quadro 600/PCI/SSE2
OpenGL version string: 4.2.0 NVIDIA 290.10

Il y a peut-être un problème entre Nvidia et OpenGL (j'ai cru voir des posts sur ce sujet) ?

nouvo09

La commande fglrxinfo est inconnue.

Encore heureux, elle ne s'adresse qu'au CG ATI/AMD

babose

Bonjour,

Pikachu n'est plus là ? (car la superbe remarque de nouvo ne fait pas avancé le schmilblik !)

babose

Bonjour,

Je remonte le post.

J'ai recompilé gmsh à partir des sources avec l'utilisation de cmake.
Gmsh fonctionne mais il ne trouve pas les librairies blas ou lapack : d'où des erreurs du type :

Error : Singular value decomposition requires LAPACK

Pourtant celles-ci sont bien installées !
J'ai bien indiqué le chemin -DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/lib64 pour cmake, mais il ne les trouve pas alors qu'il y a les fichiers :
libblas.so - libblas.so.3 - libblas.so.3.3 et libblas.so.3.3.1 et
liblapack.so - liblapack.so.3 - liblapack.so.3.3 et liblapack.so.3.3.1

dans /usr/lib64

Si quelqu'un a une idée.
Merci d'avance.

babose

Bonjour,

Bon, j'ai pris le taureau par les cornes.
J'ai désinstallé nvidia par :

 yum remove *nvidia*

Maintenant plus de problème avec la version téléchargée de gmsh pour linux.

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