Alors j'ai quelques solutions :
Le clic secondaire
Je viens de tester (avec ubuntu 11.10) de faire le clic droit au doigt. C'est hyper galère, mais avec le stylet, ça fonctionne nickel. en fait, avec le doigt, le curseur se déplace légèrement, comme si on commençais une sélection par zone. Je pense donc que c'est le souci que tu rencontre.
Peut être une solution :
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=47201
Le défilement
Sous firefox, tu peux installer le plugin « Grab And Drag », il te permettra de faire ce que tu veux. Par contre, pour nautilus, j'ai peur qu'il n'y ai rien à faire (mais ça fait un bail que je me suis pas penché sur le soucis)
Pour le shell, normalement, dans l'onglet application, tu dois pouvoir scroller correctement en mettant le doigt entre les icônes d'application et en le faisant glisser en bas, façon iPhone, en le relâchant pendant le mouvement vers le bas. concernant les fenêtres dans le shell, c'est normal que le défilement revienne par défaut car il faut placer la fenêtre sur le bord inférieur de l'écran. Le soucis, c'est que cette zone est très petite, facile d'accès à la souris, mais galère avec un écran tactile (surtout si cet écran à des bords en plastique, ce qui empêche d'accéder aux 5 derniers pixels des bords d'écran...)
Le clavier visuel
Il existe un très bon clavier visuel : florence
su -lc 'yum install florence'
il est bien paramétrable et à une fonction d'apparition lors du focus dans un champ texte.
Voila, j'espère t'avoir bien aidé.