Il faut juste modifier un peu le fichier desktop d'avidemux sous /usr/share/applications ou le personnaliser sous ~/.local/share/applications
Par exemple, si l'on veut que l'application apparaisse pour les fichiers de type mpeg vidéo, il faut le personnaliser ainsi :
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Avidemux Video Editor (GTK)
Comment=Graphical video editing tool - GTK interface
Icon=avidemux
Exec=avidemux2_gtk %U
Terminal=false
StartupNotify=true
Type=Application
Categories=AudioVideo;AudioVideoEditing;
MimeType=video/mpeg;video/x-mpeg;video/x-mpeg2;
X-Desktop-File-Install-Version=0.18
Pour les autres types de fichiers, il faut rajouter les types mime correspondants.
Edit : gnome-desktop-item-edit ne permet malheureusement pas de spécifier les types mime. À vérifier : il me semble avoir vu dans le menu contexte du bureau quand nautilus le gère une entrée pour créer directement un lanceur.