Bon, le sujet date un peu,
mais j'ai un "workaround" acceptable (mais un peu sale) pour permettre la transparence avec Gnome3.
Vu que le problème provient de la manière de faire de mutter et du dessin de l'ombre en dessous des fenêtres,
et que dans mutter (git), le problème a été corrigé, prennons les versions de mutter et clutter "git" de fedora (rawhide).
yum install fedora-release-rawhide
yum --enablerepo=rawhide update mutter clutter
init 3;
init 5;
et vous revoila sur un bureau avec de la transparence.