À propos des fichiers .so dans le dossier %{_libdir}/%{name}/plugins/,
tu dois les conserver, ce sont bien des plugins, chargés par le programme sous ce nom (et non pas sous leur nom avec une version suffixée), quoi que puisse dire rpmlint. Comme dit plus haut, le fait pour ces plugins d'être traités à la compilation comme des bibliothèques versionnées est un bogue à rapporter upstream...
Tu dois aussi modifier le fichier config, installé dans %{_sysconfdir}/seeks/, qui définit les chemins des dossiers de log et des base de données de seeks ; en particulier :
- définir le champ user-db-file à /var/lib/seeks/user.db
- définir le champ logdir à /var/log/
Tu patcheras (ou utiliseras sed dans %prep, au choix) ainsi le fichier src/config dans les sources à cette fin.
ll faudra éventuellement rajouter à ta section %files, et taggés en %ghost, les fichiers /var/lib/seeks/user.db et /var/log/seeks.log de façon à ce qu'ils soient supprimés à la désinstallation du paquet.
Enfin, puisque l'on a un patch qui force la regénération du script configure, rajoute avant %configure les commandes suivantes :
autoconf
libtoolize
automake