Comme l'a dit pingou, un petit
su -lc 'nautilus'
ou
su -lc 'dolphin'
te permettra de lancer juste ton navigateur de fichier en root. Et un conseil, mets un thème différent de celui que tu utilises pour bien différencier l'interface root de celle de ton utilisateur (en copiant en root le dossier ~/.themes de ton utilisateur avec une couleur modifiée, rouge par exemple, dans le home de root). Pour faire plus simple, voici la marche à suivre :
1 - changer les couleurs de ton thème actuel
2 - appliquer le thème
3 - un petit su -lc 'cp /home/«TonUser»/.themes /root/.themes'
4 - remettre ton ancienne couleur pour ton thème
5 - appliquer et vérifier en lançant nautilus/dolphin que le changement de couleur à été pris en compte.
T'es pas obligé de le faire mais c'est mieux pour éviter une confusion en cas de plusieurs fenêtres ouvertes en même temps.